A New Information Theoretic Approach Shows that Mixture Models Outperform Partitioned Models for Phylogenetic Analyses of Amino Acid Data
新しい情報理論的アプローチ（mAIC）を用いた本研究は、アミノ酸データの系統解析において、従来の分割モデルよりも混合モデルが常に優れていることを示し、今後の研究開発の方向性を示唆しています。
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evolutionary biology
460 件の論文
Novel female reproductive organ differentiates postmating transcriptional response to insemination versus arrival of sperm in bedbugs
この論文は、トコジラミの新奇な生殖器官であるメソスペルマレージが、交尾後の雌の生理的反応が精子の到着に反応して誘発されることを示すことで、精子の受け取りと交尾を分離し、生殖遺伝子の共有や新規生殖形質の進化に関する洞察を提供することを明らかにしています。
Interallelic cis-regulatory dominance promotes robustness and evolutionary innovation
この論文は、ショウジョウバエの発生エンハンサーにおいて、転写ハブを介した対立遺伝子間の相互作用（転写）によるシス調節優性が発現量の低下を隠蔽し、進化的制約を緩和するとともに、新たな表現型の進化を可能にすることを明らかにしました。
Tempo and mode of gene evolution revealed by the Lenski long-term evolution experiment
レンスキーの長期進化実験における 6 万世代のゲノムデータ解析から、成長関連遺伝子が生存関連遺伝子より先に進化し、環境が安定するにつれて適応度向上の利益が減少することで進化速度が低下し、これが進化の停滞や中立進化の普及につながることが示されました。
Warming and predation drive rapid evolution of ecosystem functioning but not functional traits
2 年間のメソコズム実験により、水温の上昇と捕食者の有無という地球環境変化の圧力が、ホウネンエビの生態系機能（分解速度）の急速な進化を駆動する一方で、体サイズや代謝率といった機能的形質そのものの進化には明確な分化的変化をもたらさなかったことが示されました。
Fitness landscapes for species interactions: when do population genetics and adaptive dynamics diverge?
この論文は、微生物種間相互作用のデータ駆動モデルを用いて、有限の時間・突然変異供給・個体群サイズが、適応力学と集団遺伝学の予測（特に安定な共存の予測）の一致・不一致にどのように影響するかを解析し、両者の枠組みを統合する新たな洞察を提供しています。
Group size modulates kinship dynamics and selection on social traits
本研究は、群れのサイズが個体の年齢に伴う血縁関係の動態を変化させ、より小さな群れでは若年層において血縁度がより高く急速に変化するため、社会的哺乳類における加齢に伴う協力や危害の行動（例えば閉経後の親族援助など）の進化タイミングが群れのサイズによって異なることを理論的に示しました。
Rapid and repeated evolution of myosin copy number in threespine stickleback
本論文は、スリッパウオが淡水環境に適応する過程で、筋肉発達の遺伝子ファミリー（MYH3C）のコピー数が急速かつ反復的に増幅し、これが適応進化のホットスポットとなっていることを明らかにしたものである。
Transcriptional signatures underlying divergent lifestyles of endophytic and pathogenic fungi in early colonisation of wheat roots
本論文は、RNA シーケンスデータと新規ゲノム情報を統合し、小麦根の早期感染段階において、病原性菌 Gaeumannomyces tritici が宿主防御を回避する「隠密」な発現プロファイルを示す一方、共生菌 G. hyphopodioides はストレス応答や効果子発現を通じて宿主防御を誘導し、両者の異なる生活様式を決定づける転写応答の基盤を解明したものである。
When South meets North: a joint contact zone coinciding with environmental gradients in three boreal tree species
この論文は、スウェーデンの環境勾配に沿ってサンプリングされた 3 種の北方林樹種（トウヒ、シラカバ、アカマツ）のゲノムデータを解析し、種ごとの分散生態や移住様式の違いにもかかわらず、気候帯の移行域に共通する南北の遺伝的構造と接触帯が形成され、それぞれ異なる遺伝的基盤（広範な分布、逆位、多遺伝子的小な頻度変化など）による局所適応が自然選択と遺伝子流動の相互作用によって形作られていることを明らかにしたものである。
Mapping frog genomic diversity on a continental scale
この論文は、北東部北米の 46 種 2,481 個体のゲノムデータを用いて、多くの種で緯度勾配が観察されたものの人間活動との関連性は限定的であったことを明らかにし、複数の種にわたるゲノム多様性の保全優先地域を特定するための一般的な枠組みを提示しています。
Horizontal transfer promotes allele segregation in multicopy plasmids
本研究は、接合による水平伝播が、多コピープラスミドの細胞内での対立遺伝子多型（ヘテロプラスミア）を解消し、ホモプラスミックな宿主の出現を促進することで、プラスミド対立遺伝子の動態を急速に再編成する新たな segregation 経路であることを示しました。
Ancient transposable elements sustain global ecological adaptation despite chronically low nucleotide diversity
本論文は、ゲノム全体のヌクレオチド多様性が慢性的に低いにもかかわらず、古代のトランスポゾン多型が寒冷季節の温度適応など世界的な生態的適応を支えていることを明らかにし、長年の進化のパラドックスを解明した。
Estimating the evolutionary fitness of specific synonymous codon changes
この論文は、分岐データに依存せず多型データのみを用いた新手法により、ショウジョウバエの同義コドン変異に対する自然選択が弱く（|2Ns| < 2.07）存在すること、そしてその推定値がコドン使用頻度や mRNA 二次構造の安定化など複数の独立した証拠と整合することを実証している。
The Cooperation Ladder: Scale-dependent payoffs and population dynamics create surges, stalls and reversals
この論文は、集団の成長と異なる規模の協力に必要な閾値が「協力のはしご」を形成し、それが社会の急激な拡大、停滞、または逆行を引き起こすメカニズムを理論モデルで解明し、歴史的な社会複雑化の過程や現代の協調課題への示唆を提供するものである。
Joint likelihood-free inference of the number of selected single nucleotide polymorphisms and the selection coefficient in an evolving population
この論文は、近似ベイズ計算（ABC）の最新手法を組み合わせることで、ゲノム連鎖による相関を考慮しつつ、進化集団における選択された単一ヌクレオチド多型（SNP）の数と選択係数を同時に推定し、その不確実性を定量化する新しいアプローチを提案し、シミュレーションおよび実データでその有効性を示したものである。
A phospholipid transporter in Asgard archaea sheds light on the origin of eukaryotic lipid transfer proteins
アスガルド古細菌に存在するリン脂質輸送タンパク質（StarAsg1）が真核生物の脂質輸送タンパク質と構造的・機能的に類似していることを発見し、これが真核細胞の複雑な細胞内小器官の進化を可能にした可能性を示唆しています。
Evolution of thyroglobulin: an integrated view of its origin and complexity from a structural perspective.
本論文は、生物情報学的解析と構造モデルに基づき、ホヤ類から脊椎動物まで保存されている甲状腺グロブリンの多ドメイン構造と進化過程（ニドゲン様前駆体からの重複・融合による複雑化）を包括的に解明し、その機能と構造がヤツメウナギの段階ですでに確立されていることを示しています。
Genus-wide homologous recombination of tail fibers maintains tailocin diversity in Pectobacterium
本論文は、植物病原菌ペクテロバクテリウム属において、尾繊維遺伝子座の属全体にわたる相同組換えが、近縁株間の競合に重要な役割を果たす尾殺菌体（カーボトロシシン）の多様性を維持する主要な進化メカニズムであることを明らかにした。
pylifemap: Mapping Data onto the Tree of Life
NCBI 分類学識別子に関連するデータを可視化する新しい Python パッケージ「pylifemap」が紹介され、Lifemap のインタラクティブな系統樹上に多様なデータレイヤーを重ねて表示し、IUCN レッドリストやメタゲノム実験データなどの分析に活用できることが示されています。